سنگی بر گوری با این سطور آغاز می‌شود؛ یک راست سر اصل مطلب. دو جوان، مستعد، ادب‌دوست، در جست‌وجو‌ی نام و کام و اهل قلم و بعد دیداری در سفر شیراز و ناگهان عشق و ازدواج. پیوند آن دو، جمع اضداد بود؛ سیمین دانشور فرزند خانواده‌ای سرشناس، تحصیل‌کرده، ثروتمند و متجدد و جلال برآمده از تباری مذهبی و سنت‌گرا. شگفت‌زدگی دوستان و آشنایان، نصیحت‌ها و زمزمه‌ها؛ عشاق اما ثابت‌قدم‌اند و سرانجام نیز خواست خود را بر کرسی مراد می‌نشانند. دو سه سال اول _به گفته‌ی جلال_ خوش و خرم، در فکر آرزوهای دور و دراز و البته گریزان از فرزندآوری. سپس اندکی نگرانی، مراجعه به پزشک، آزمایش پشت آزمایش و نهایتا روشن شدن ماجرا؛ همانی که جلال آل احمد در اولین جمله‌ی کتاب می‌گوید. و این آغاز ماجرا است.
« ما بچه نداریم. من و سیمین. بسیار خب. این یک واقعیت. اما آیا کار به همین جا ختم می‌شود؟ اصلا همین است که آدم را کلافه می‌کند. یک وقت چیزی هست. بسیار خب هست. اما بحث بر سر آن چیزی است که باید باشد. بروید ببینید در فلسفه چه تومارها که از این قضیه ساخته‌اند. از حقیقت و واقعیت. دست‌کم این را نشان می‌دهند که چرا کمیت واقعیت لنگ است. عین کمیت ما. چهارده سال است که من و زنم مرتب این سوال را به سکوت از خودمان کرده‌ایم. و به نگاه. و گاهی با به روی خود نیاوردن. نشسته‌ای به کاری؛ و روزی است خوش؛ و دور برداشته‌ای که هنوز کله‌ات کار می‌کند؛ و یک مرتبه احساس می‌کنی که خانه بدجوری خالی است. و یاد گفته آن زن می‌افتی – دختر خاله مادرم – که نمی‌دانم چند سال پیش آمده بود سراغمان و از زبانش در رفت که:
– تو شهر، بچه‌ها توی خانه‌های فسقلی نمی‌توانند بلولند و شما حیاط به این گندگی را خالی گذاشته‌اید…»
کتاب سنگی بر گوری متشکل از شش فصل است و به طور کلی چند ماجرای مهم را روایت می‌کند. این کتاب که می‌توان آن را اعتراف‌نامه یا حدیث نفس آل احمد دانست، جریانات و وقایع مربوط به بچه‌دار نشدن جلال و سیمین را مطرح می‌کند و طبیعتا قالب و لحنی داستانی دارد.
بخش آغازین کتاب شرح تلاش‌های آل احمد و دانشور است برای بچه‌دار شدن؛ از درمان‌های تخصصی گرفته یا تجویزهای دده رزم‌آرا و کلثوم ننه! داروهای گوناگون، روش‌های درمانی متعدد، سرگردان از این بیمارستان و مطب به دیگری و… گاه پرتوان و مصرّ و گاه خسته و ملول؛ حرکتی پرنوسان در آونگ بیم و امید. آن‌ها حتی به فرزند‌خوانده هم فکر می‌کنند و بعدها نیز پس از خودسوزی هما ،خواهر سیمین، به نوعی سرپرستی غیرمستقیم فرزندان او را می‌پذیرند؛ اما هرگز به معنای دقیق کلمه، پدری و مادری را تجربه نمی‌کنند.
نقطه‌ی عطف داستان اما در بخش دوم رقم می‌خورد. جلال راهی اروپا می‌شود و آن‌جا بند رسوایی را آب می‌دهد. راهنمای توری که جلال با آن سفر کرده است، زنی زیبا و میان‌سال است و در حکم آخرین امید آل احمد برای چشیدن طعم پدری. گویا پزشکی همان‌جا به او می‌گوید ازدواج مجدد، امکان پدر شدنش را تا پنجاه درصد افزایش می‌دهد و جلال هم راسخانه، ماه‌ها در بلاد فرنگ نسخه‌ی تجویزی طبیب فرنگی را اجرا می‌کند؛ اما نتیجه هیچ است و بس. دست از پا درازتر! و حالا سیمین هم بو برده و دم از جدایی می‌زند.
آن چنان که از اظهارات جلال و نامه‌های سیمین برمی‌آید، با وجود آنکه مشکل عدم‌باروری از سوی جلال بوده است، باز هم خانواده‌اش بنا بر مرسومات خود اصرار داشته‌اند که همسر دوم اختیار کند و جلال که از باورهای خانوادگی روی گردانده و گرایش‌های روشنفکری و حزبی را مبنای جهان‌بینی خود قرار داده است به شدت مخالفت می‌کند. او که تجربیات تلخ و ناخوشایندی از ازدواج دوم پدر دارد، هرگز نمی‌خواهد و نمی‌پذیرد که تن به چنین کاری دهد اما در نهایت راه حل نه‌چندان متفاوتی را بر می‌گزیند. او جایی می‌گوید که پای این سرنوشت مقدّر ایستاده است اما در نهایت به قول خودش «فریاد یک مرد شرقی سنتی» از درونش بیرون می‌زند و به سیمین خیانت می‌کند.
و آن سمت بشنویم از سیمین. در کتاب سوم از مجموعه نامه‌های سیمین و جلال در حوالی همان تاریخ می‌بینیم که سیمین از دوری و نامه‌های دیر به دیر جلال گلایه و اظهار دلتنگی می‌کند. اندک اندک تردیدی در دلش جوانه می‌زند و سرانجام با دریافت چند نامه شک او تبدیل به یقین می‌شود و نامه‌ی مشهور 6 بهمن 1341 را خطاب به جلال می‌نویسد. او در این نامه اظهار ناراحتی، تاسف، خشم و اعتراض می‌کند و خواستار جدایی می‌شود و… در پایان نیز به زیبایی برای تمام روزهای خوب از جلال سپاس‌گزاری می‌کند.
سرانجام جلال به ایران بازمی‌گردد، ماجرا میان او و دانشور فیصله می‌یابد و در فصل پایانی کتاب در حالی که به زیارت مزار درگذشتگان خود رفته‌است به دیدگاه تازه و متفاوتی می‌رسد. هر آدمی سنگی است بر گور پدر خویش و باکی نیست اگر گوری هم بی سنگ باشد…
« و امروز من آن آدم ابترم که پس از مرگم هیچ تنابنده‌ای را به جا نخواهم گذاشت تا در بند اجداد و سنت و گذشته باشد و برای فرار از غم آینده به این هیچ گسترده‌ی شما پناه بیاورد. پناه بیاورد به این گذشتگان و این ابدیت در هیچ و این سنت در خاک که تویی و پدرم و همه‌ی اجداد و همه ی تاریخ. من اگر بدانی چقدر خوشحالم که آخرین سنگ مزار در گذشتگان خویشم. من اگر شده تنها یک جا و به اندازه‌ی یک تن تنها نقطه‌ی ختام سنتم. نفس نفی آینده‌ای هستم که باید در بند این گذشته می‌ماند. …. این همه چه واقعیت باشد چه دلخوشی من این صفحات را همچون سنگی بر گوری خواهم نهاد که آرامگاه هیچ جسدی نیست.»
آنچه در سنگی بر گوری مسئله است، چیزی فراتر از بچه داشتن یا نداشتن جلال و سیمین است. نویسنده در ابتدا فرزند را چیزی زنده، حیات‌بخش و مسبب بقای نسل می‌داند، چیزی که پس از مرگ نامی را از او زنده نگه می‌دارد، مانند سنگی برگوری. اما او در تمام زندگی‌اش دارد با موضوعی می‌جنگد.برخلاف پدر و برادرش که چند همسری را طبیعی می‌دانستند، جلال نمی‌خواهد به درخواست اعضای خانواده‌اش برای ازدواج مجدد تن دهد. پدر او نماینده‌ی تمام عیار فرهنگ و ایده‌های سنتی است، حال آنکه جلال نماینده‌ی عصیان بر تمام ایده‌های گذشته است. او تلاش می‌کند برخلاف خانواده‌اش، تفکر و شیوه‌ای نو و مدرن در زندگی پیش بگیرد. به عبارتی مسئله‌ی عقیم بودن جلال را می‌توان به عقیم بودن ایده‌های سنتی و تمام شدن آن توسط کسی که خودش نیز عقیم است تعبیر کرد.